1541 (H.948) yılında Şereflikoçhisar'da doğdu. Bursa’da Muhammed Üftâde'den feyz aldı. 1598 (H. 1007) de Üsküdar'da câmi ve dergâh yaptırdı. 1628 (H. 1038)'de vefât etti. Kabri, İstanbul Üsküdar'da kendi dergâhı yanındaki türbesindedir. Asıl ismi Mahmud'dur "Hüdâyî" ismi ve "Azîz" sıfatı kendisine sonradan verilmiştir.
Mahmud Hüdayi, Fadlullah bin Mahmud'un oğludur. Çocukluğu Sivrihisar'da geçti. Burada ilk tahsiline başladı. İlmini ilerletmek için İstanbul'a gitti. Küçük Ayasofya Medresesinde tahsiline devam etti. Çok zeki olup bir defa okuduğunu zihninde tutar, tekrar kitaba bakmaya lüzum hissetmezdi.
Mahmud Hüdayi otuz üç yaşında iken, hocası Nazırzâde ile Bursa'ya geldi. Üç sene Ferhâdiye Medresesinde müderrislik yaptı. Üç sene sonra, hocasının vefâtı ile Bursa kadılığına getirildi. Aziz Mahmud Hüdayi manevi bir işaretle Trakya'ya gitti. Bir müddet sonra da Şeyhülislâm Hoca Sadettin Efendi vasıtasıyla İstanbul'a geldi. Küçük Ayasofya Camii tekkesinde hocalık yapmaya başladı. Bu arada Fatih Camii'nde, talebelere, tefsir, hadis ve fıkıh dersleri verdi. Burada kaldığı müddet içinde, ilim ve devlet adamlarına kadar uzanan geniş bir muhit edindi. Bu arada, Üsküdar'da kendi dergâhının bulunduğu yeri satın aldı. Buraya dergâhını inşa eyledi. Dergâhında yüzlerce talebenin yetişmesi için çok uğraştı. Kısa zamanda namı her tarafta duyuldu. Akın akın talebeler dergâhına koştular. Hasta kalblerine şifa olan sohbetlerine kavuştular. Onun feyz ve bereketleri ile mârifetullaha kavuştular. Dergâh, en fakirinden en zenginine ve en üst kademedeki devlet ricâline kadar her tabakadan insanlar ile dolup taşıyordu. Devrin padişahları da ona hürmette kusur etmiyorlardı. III. Murad Han, III. Mehmed Han, I. Ahmed Han, II. Osman Han ve IV. Murad Han'a nasihatlarda bulundu. Dördüncü Murad Han'a, saltanat kılıcını kuşattı.
1595 yılında İranlılarla yapılan Tebriz seferine Ferhat Paşa ile beraber katıldı. Zaman zaman padişahların davetlisi olarak saraya gidip, onlarla sohbetlerde bulundu.
Aziz Mahmud Hüdayi, 1628 (H. 1038) senesinde vefat etti. Vefatından önce talebeleriyle ve tanıdıklarıyla helâlleşti, vasiyetini yaptı. Son nefeste de Kelime-i şehâdet getirerek ruhunu teslim etti. Türbesi Üsküdar'daki dergâhındadır. Aşıkları, onu ziyaret etmekte, feyz ve bereketlerinden istifade etmektedirler. Aziz Mahmud Hüdayi Vakfı bugün dergahda hizmet vermektedir.