1-) Kıta Sahanlığı Sorunu
Yunanistan, 1972 yılında Ege'de petrol arama çalışmalarına başladı. Bunun üzerine Türkiye de 1973 yılında Türkiye Petrolleri Anonim Ortaklığı'nı (TPAO) kurarak Ege'de petrol arama çalışmalarına başladı.
Türkiye, 1976 yılında Sismik 1 adlı araştırma gemisi ile araştırmalar yapınca Yunanistan, Birlemiş Milletler Güvenlik Konseyi ve Uluslararası Adalet Divanı'na başvurdu. Uluslararası Adalet Divanı, bu başvuru karşısında yetkisizlik kararı verdi.
Yunanistan, bu meselenin hukuki bir sorun olduğunu ve uluslararası yargıya gidilmesi gerektiğini savunurken Türkiye, bunun siyasi bir sorun olduğunu savunmaktadır.
Türkiye, adaların Anadolu'nun doğal uzantısı olduğunu ve dolayısıyla bunların ayrı bir kıta sahanlığı olmaması gerektiğini savunurken Yunanistan, adaların kendi başlarına kıta sahanlığı olması gerektiğini savunmaktadır.
2-) Ege Adalarının Silahlandırılması Sorunu
Yunanistan, 1947 yılında İtalya'dan aldığı Meis ve Oniki Ada'yı Lozan Antlaşması'na aykırı bir şekilde silahlandırdı. Bundan bir süre sonra da Kıbrıs üzerinde anlaşmazlık ortaya çıkınca Türkiye'ye yakın olan adaları silahlandırdı.
3-) Karasuları Sorunu
Türkiye ile Yunanistan arasındaki karasularının uzunluğu Lozan Antlaşması'nda 3 mil olarak belirlenmiş, ancak 1936'da Yunanistan tek taraflı olarak 6 mile çıkarmıştı. Türkiye ise dönemin barış havası içinde buna karşı çıkmadıysa da Kıbrıs Krizi ile birlikte 1964 yılında 6 mile çıkardı. Yunanistan'ın bu sınırı 12 mile çıkarma isteğine Türkiye karmış çıkmış ve 6 milin üzerine çıkması halinde bunu bir savaş nedeni sayacağını açıklamıştır.
Yunanistan, 1982 Birlemiş Milletler Deniz Hukuku'na göre karasuların 12 mil genişliğinde olabileceğine savunurken Türkiye, Birleşmiş Milletler Deniz Hukuku'ndaki 12 milin azami genişlik olarak kabul edildiğini ve bunun genel bir kuralmış gibi sonuç doğuramayacağını savunmaktadır.
3-) Ege Hava Sahası Sorunu
1931 yılında Yunanistan 3 mil olan hava kontrol sahasını 10 mile çıkarmış, ancak Türkiye o dönem buna bir tepki göstermemişti. Türkiye, 1974 yılında hava sahasını 6 mile çıkaracağını duyurdu. Bu durum iki ülke savaş uçakları arasında sorunlara neden olmuştur.
4-) Ada, Adacık ve Kayalıklar Sorunu
Türkiye ile Yunanistan arasında ikili anlaşmalarla aidiyeti belirlenmemiş ada, adacık ve kayalıklar mevcuttur. Bu durum iki ülkeyi 1996 yılında Kardak'ta savaşın eşiğine getirmiştir.
5-) Yunanistan'ın Darbeci Askerleri İade Sorunu
Yunanistan, FETÖ'nün 15 Temmuz darbe girişiminin ardından kaçan askerleri Türkiye'ye iade etmemektedir.